Nel corso del 1809 Napoleone dovette scontrarsi ancora con quella forza nuova e minacciosa che era insorta contro i Francesi in Spagna: la lotta di liberazione nazionale intrapresa dalle masse popolari. Nell’aprile 1809 iniziò la rivolta dei contadini tirolesi guidati dall’oste Andreas Hofer: le vallate alpine furono quindi teatro di una guerra spietata. Quasi contemporaneamente si segnalarono ribellioni in Prussia, in Wesfalia, in Sassonia. Alcuni ufficiali organizzarono reparti militari e, contando sull’appoggio delle popolazioni, iniziarono la guerra partigiana contro i Francesi.
I dirigenti prussiani, tuttavia, non si ritennero ancora pronti all’offensiva che nell’aprile del 1809 l’Austria scatenò contro le truppe francesi di stanza nella Germania meridionale. Il 13 maggio, un mese dopo l’inizio delle ostilità, Napoleone, battute le armate austriache, entrò in Vienna. Bisogna dire, per amor del vero, che le vittorie dell’imperatore diventavano sempre più sofferte e meno risolutive. In quello stesso anno l’opinione europea venne a sapere che idealmente affiancati alle guerriglie spagnole operavano dei corpi franchi tedeschi in Prussia e in Renania, e bande contadine in Tirolo. Nel giugno Napoleone cercò ancora lo scontro campale ma, nonostante la gravità delle perdite umane, le sorti dei combattimenti rimasero incerte ed egli fu quasi sconfitto. Si addivenne ad un armistizio e nell’ottobre al Trattato di Schonbrunn (14 ottobre 1809: l’Austria dovette cedere gran parte dei suoi territori).
Furono proprio le difficoltà complessive del tremendo anno 1809 a spingere Napoleone verso una scelta inattesa e risolutiva. Poiché negli ultimi tempi ai rischi delle guerre si erano aggiunti frequenti attentati, la vita dell’imperatore appariva come sospesa ad un filo. Napoleone, inoltre, non aveva eredi che potessero venir riconosciuti, e, se egli fosse stato ucciso, la sua opera sarebbe crollata. Sorse così in lui l’idea di consolidare il proprio potere assicurando la continuazione dell’Impero con la fondazione d’una dinastia di sangue reale, tale da poter essere riconosciuta dalle corti e dalle diplomazie europee. Decise di divorziare dall’imperatrice laica Giuseppina Beauharnais e di sposare una principessa di lignaggio principesco. Intuì che il matrimonio con un’erede asburgica non avrebbe soltanto risolto il problema dinastico, ma avrebbe reso possibile, dopo tante guerre, l’associazione del popolo di Francia e dei popoli tedeschi intorno al suo trono. Il matrimonio tra Napoleone Bonaparte e Maria Luisa d’Asburgo, figlia dell’imperatore Francesco, fu celebrato nell’aprile 1810, dapprima in forma civile poi in forma religiosa. Il papa, come detto nel precedente articolo, era prigioniero e tredici cardinali condotti a Parigi per ordine dell’imperatore rifiutarono di assistere alla cerimonia. Furono quindi esiliati in città di provincia, costretti a rinunciare agli emblemi della loro dignità e chiamati ‘cardinali neri’.