Nel 1808 ci fu un declino inesorabile dei rapporti tra Napoleone il papa. La resistenza di Pio VII alle ingiunzioni dell’imperatore, che esigeva una stretta osservanza alla politica del Blocco, portarono all’annessione della Marca d’Ancona e all’occupazione di Roma (2 febbraio 1808). La crisi si risolse con la scomunica di Napoleone e l’arresto del pontefice, che fu condotto prigioniero in Francia (luglio 1809). Di fronte al drammatico evento, l’opinione pubblica cattolica insorse con forza ovunque in Europa. Una parte del clero passò all’aperta opposizione contro il regime. Alcuni vescovi furono costretti a dimettersi e finirono in esilio; furono sciolte diverse confraternite e molte congregazioni. Il conflitto riaccese nei paesi annessi l’ostilità contro la Francia, ravvivò le speranze dei reazionari e favorì l’isolamento del regime, mentre i bollettini dell’Armata lasciavano capire che in Spagna non si combatteva solo intorno alle fortezze, ma nelle campagne e nelle città, casa per casa.
Anche nel centro del continente montava intanto la protesta contro l’Impero. Nella Germania umiliata dalla pace di Tilsit il rifiuto dell’egemonia francese unì le classi dirigenti, gli intellettuali, i ceti popolari. Le prime testimonianze di una profonda trasformazione vennero dalla Prussia, disprezzata da Napoleone. Accanto all’appello di J. Fichte, filosofo che rivendicò i principi della Rivoluzione francese per andare contro al cesarismo napoleonico, bisogna necessariamente menzionare l’opera di due statisti ( K. A. von Hardenberg e il barone H. F. K. von Stein), congiunta a quella dello stesso sovrano Federico Guglielmo III. Furono costoro che, nel 1807, pochi mesi dopo il Trattato di Tilsit, cancellarono, con una serie di editti, i privilegi feudali, la servitù contadina, le discriminazioni nei confronti degli Ebrei; promossero una riforma agraria e crearono un pur limitato ceto di piccoli proprietari e finalmente riorganizzarono modernamente l’esercito. Questa grandiosa opera di riforme, che certamente contribuì alla vittoria che i Prussiani riporteranno sulla Francia nel 1813, non toccava però la sfera più propriamente politica. Il sovrano rimaneva tale per grazia di Dio, non furono creati parlamenti, al popolo non fu riconosciuto alcun diritto né alcuna partecipazione agli affari pubblici.