Tuttavia, al contrario di quanto è consuetudine pensare, ovvero che l’indipendenza brasiliana sia stata ottenuta senza spargere sangue, dei risentimenti e delle azioni militari si verificarono. Anche se entrambe le nazioni evitarono grandi battaglie, si fronteggiarono con azioni di guerriglia, dimostrazioni, e contromosse. Non ci sono molte informazioni riguardo alle vittime del conflitto. Una delle martiri fu ad esempio Madre Joana Angélica, che venne uccisa con la baionetta dalle truppe portoghesi a Bahia che entrarono nel suo convento, e vi fu anche una donna, Maria Quitéria de Jesus, che si finse uomo ed entrò così anonimamente nell’esercito imperiale brasiliano, distinguendosi in battaglia diverse volte.
Il riconoscimento formale (e internazionale) dell’indipendenza del Brasile ci fu in base a un accordo stipulato nel 1825 tra il Regno Unito e il Portogallo. Fino a quel periodo, i brasiliani temevano che il Portogallo potesse riprendere ad attaccare da un momento all’altro. Il Brasile dovette tuttavia rinunciare all’annessione delle colonie portoghesi in Africa, e in un altro trattato stipulato con l’Inghilterra promise di porre fine alla schiavitù e al commercio di schiavi. Nessuno di questi provvedimenti, naturalmente, furono graditi ai possessori di piantagioni.